A Bruxa de Itaquera apresenta-nos a personagem Dona Maria da Conceição, uma senhora moradora da zona leste de São Paulo, que é malvista pela vizinhança por ter crenças religiosas incomuns.
Com a chegada do seu neto, a rotina da senhora passa a ser entre dedicar-se às suas crenças e arrumar o tempo necessário para educá-lo e ajudá-lo a vencer todos os temores da infância. O neto, por sua vez, passará a encontrar o apoio familiar que necessitava na convivência com a sua avó, como também descobrirá que as crenças dessa senhora vão além de benzimentos e rezas, pois ela vive em meio ao incessante embate entre o bem e o mal.
A partir disso, através dos relatos do garoto, passamos a entender um pouco mais sobre as crenças dessa senhora e descobrimos mais sobre todas os seres que habitam a escuridão.