Ao fim dos anos 90, várias crianças inexplicavelmente desaparecem em um condomínio reservado para as famílias mais tradicionais da elite carioca, o Lar Giuseppe. Cerca de vinte anos depois, os desaparecimentos voltam a acontecer com a chegada de Ícaro Borges, um chef de cozinha profissional muito jovem cuja mãe trabalhava em tal condomínio décadas atrás.
Para descobrir mais sobre os horrores do passado de sua mãe que a levaram a se tornar uma mulher traumatizada e insana, Ícaro resolve se mudar para o antigo apartamento de Márcio Gomide, um pai dedicado que quer desesperadamente levar seus filhos, Aila e Caio, para longe do Lar Giuseppe. Apenas um dia de se libertarem de tal lugar, os gêmeos Caio e Aila começam a ser visitados por seres há muito adormecidos, e descobrem que o que os assombra em seus pesadelos, os persegue quando estão acordados.
A Casa de Mágoas aterra seus alicerces na violência que fazemos uns aos outros quando a inocência se torna uma especiaria para bocas famintas, e aprisiona em seus quartos traumas que não desejam morar sozinhos.